全院现有研究所及科研辅助机构20个，辖5个分院，目前建有或在建国家级"黄河三角洲森林生态系统定位研究站"、国家林业局经济林产品检验检测中心、国家林业局华北核桃工程技术中心 、山东省林木遗传改良重点实验室、林业生态工程"泰山学者"岗位、山东省森林植被生态修复工程技术研究中心、山东省林业外来有害生物防控工程技术研究中心、山东省核桃工程技术中心、国家白蜡良种基地等科研平台。
下设遗传育种研究所、资源环境研究所、森林保护研究所、经济林研究所、园林绿化研究所、土壤肥料研究所、社会林业研究所、植物新品种权事务所、林业科技信息中心、山东林业科技编辑部、山东绿化编辑部、山东林学会、科研开发部、人力资源部等科研和管理机构，具有盐碱地造林试验站、试验林场和苗圃、组织培养中心等科研试验示范基地、林木果树肥料中试基地和农药试验基地。
从事《山东林业科技》、《山东绿化》编辑、出版和发行。有林发牌复混肥料、林果农药、LKY-X型育苗容器成型机(国家专利)、林果苗木等主要产品，有承包园林绿化工程、信息查询、新品种注册等服务项目。
有应用研究员、高级工程师、工程师、博士、硕士构成的科研人员队伍，承担大量国家和省级科研攻关项目，获得多项国家和省级以上的科技进步奖励。
